Внутренняя отделка модульных зданий может быть практически любой, в зависимости от назначения здания и пожеланий заказчика. Для обшивки внутренних стен обычно используется виниловый сайдинг или деревянная вагонка (более экономичный вариант), в некоторых случаях можно использовать гипсокартон. Санузлы и душевые комнаты обычно отделываются пластиком, как наиболее влагостойким материалом. Для оборудования производственных площадей можно использовать любой другой отделочный материал, соответствующий задачам заказчика.

Поскольку блочно-модульные здания обычно используются для обустройства временного жилья и офисных помещений, в них необходимо обеспечить надежную теплоизоляцию. В этом случае блок-контейнеры комплектуются стеклопакетами с двойным остеклением и утепленными металлическими дверями. В отдельных случаях возможна установка дополнительной теплоизоляции.